Als Protagonist für die Handlung hat man sich abermals für den aus Crysis 1 und 2 bekannten Prophet entschieden, der 20 Jahre nach den Ereignissen aus Crysis 2 auf Rache sinnt. Während die Aliens die Erde nach wie vor fest im Griff haben, versucht die raffgierige Firma Crynet Industries, die außerirdische Ceph-Technologie irgendwie mit der des Nanosuits zu verknüpfen, um die ultimative Waffe zu erschaffen. Klar, dass Prophet da nicht mitspielt und gegen den machtgierigen Konzern zu Felde zieht.


Sumpflandschaften, Regenwälder und Flüsse, aber auch noch Reste der berühmten Weltmetropole wird es zu entdecken geben, insgesamt bekommt der Spieler Zugang zu sieben Arealen mit jeweils anderen Begebenheiten. Der deutsche Entwickler Crytek setzt dabei wieder verstärkt auf Sandbox-Freiheit, sprich: Der Spieler soll sich, ähnlich wie im ersten Crysis, selbst seinen Weg suchen können, jedoch mit kleinen aber vertretbaren Grenzen. Das weitgehend lineare Missionsdesign des direkten Vorgängers ist laut Crytek Vergangenheit. Wahlweise soll der Spieler schleichend agieren können, oder er geht brachial vor - oder er hackt feindliche Geschütze so, dass sie die außerirdischen Monster ins Visier nehmen.


Das durch den Nano Dome künstlich erschaffene Klima sorgt allerdings dafür, dass sich Städte innerhalb kürzester Zeit in einen dichten Urwald verwandelt haben. Prophet agiert als Jäger und was passt da besser als der neue Composite Compound Bow. Was in unserer Zeit eine eher archaische Waffe ist, entpuppt sich im Zukunftsszenario von Crysis 3 zu einem perfekten Utensil. Dieser bringt neue Funktionalität ins Spiel denn während Waffen in Crysis 1 und Crysis 2 auch Anzug-Energie verbrauchten, tut dies der Tech-Bogen nicht. Das bedeutet, der Bogen kann verwendet werden während Prophet getarnt ist, was gewisse Vorteile bringt wenn es darum geht schnell, präzise aber eben leise Gegner auszuschalten.