Ein halbes Jahrhundert nachdem die Rebellen der Red Faction mit ihren verbündeten Marauder den Mars von der brutalen Earth Defense Force befreit haben, wird der Frieden auf dem Mars erneut bedroht - doch dieses Mal von einer tödlichen Macht, deren Herkunft unbekannt ist.

Die Zerstörung des riesigen Terraformers, der den Mars mit Atemluft und erdähnlichem Wetter versorgt, verursacht einen chaotischen Zustand in der Atmosphäre. Supertornados und Gewitterstürme hüllen fortan den Planeten ein. Um zu überleben fliehen die Kolonisten in die unterirdischen Bergwerke und bauen dort ein Netzwerk aus bewohnbaren Höhlen auf.

Fünf Jahre später betreibt Darius Mason, der Enkel des Mars-Helden Alec Mason und der legendären Rebellin Samanya, ein lukratives Geschäft in Bastion, dem Zentrum der unterirdischen Kolonie. Bergbau, Plünderei, Söldnerjobs ... Wenn der Job gefährlich ist, ist Darius der richtige Mann dafür. Nur wenige Mutige wagen sich noch zur verwüsteten Oberfläche des Planeten - abgesehen von Söldnern wie Darius und den Schmugglern, die im Untergrund mit Waren handeln.

Als Darius in eine Falle gelockt wird, öffnet er einen mysteriösen Schacht in einem alten Marauder-Tempel - und befreit dadurch das Böse, das nun das Armageddon über den Mars bringt. Während Siedlungen von Kolonisten und Maraudern vernichtet werden, können nur noch Darius und die Red Faction die Menschheit retten. Die Schlacht führt sie über den vom Sturm verwüsteten Planeten - und in ihn hinein ... ins Herz des unaussprechlichen Schreckens.